Ну вообще-то для этого в линухе есть функции ftw() и nftw() как раз и предназначенные для корректного обхода дерева директорий. В том числе и с учётом линков. То что в Матлабе этих функций нет - проблема Матлаба. Или всё-таки есть? Тогда это проблема аффтара...